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Listes d'acides aminés de nucléotides etc ...

Maxg59

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Posté le : 22/11/2006, 15:15 (Lu 9355 fois)
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Commentaire :  une base de donnée sur le net ?


Salut ta tous !
je me demandais si il existais une base de donnée (sur le net j'espére) où je pourrais trouver la liste des acides aminés d'une protide et aussi, si possible, tous les nucléotides qui permettent de la former, dans chaque ADN qui est utilisé pour sa formation
J'ai vu qu'il y avais parfois sa sur wikipedia, mais juste pour les petites protides ...
Merciii !
Max

Re: Listes d'acides aminés de nucléotides etc ... [30331]

Duke of Portland
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Posté le : 22/11/2006, 21:23 (Lu 9348 fois)
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Il y a déjà le logiciel Anagène, que j'ai pas mal utilisé... il n'y a pas toutes les protéines, mais quand même quelques unes, sinon tu peux télécharger des "packs" de protéines (mais peut-être seulement sur la version payante, je ne sais plus trop...).
Ce logiciel présente effectivement la séquence en acides aminés d'une protéine, et la séquence d'ADN correspondante.
Mais il y a encore bien d'autres possibilités, comme découper une molécule au moyen d'enzymes de restriction virtuelles...

http://www.cndp.fr/lesScripts/bandeau/bandeau.asp?bas=http://www.cndp.fr/svt/anagene/accueil.htm

Re: Listes d'acides aminés de nucléotides etc ... [30333]

Maxg59

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Posté le : 22/11/2006, 21:42 (Lu 9342 fois)
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Merci Duke, ton logiciel semble super !
mais (parce qu'il y a toujours un mais !) il n'y a pas l'enzyme que je recherche (sa se limite à quelque cas de maladies ou de cancers, donc il n'y a pas les enzymes résponsables de maladies rares)
Tu ne saurais pas ou je peu trouver l'une des séquence ? (que je recopirais sur ce logiciel qui semble un trés bon outil pour ce genre de manipulations)

Re: Listes d'acides aminés de nucléotides etc ... [30348]

Duke of Portland
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Posté le : 23/11/2006, 07:34 (Lu 9335 fois)
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Je ne sais pas trop... as-tu essayé en tapant "séquence de (l'enzyme que tu recherches)" sur google ?

Re: Listes d'acides aminés de nucléotides etc ... [30387]

Maxg59

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Posté le : 23/11/2006, 18:26 (Lu 9323 fois)
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je n'obtiens pas grand chose avec :
"séquence de l'ornithine carbamyl transférase"
(hé oui je suis encore la dessu, je tien a détailler bien plus!)

Re: Listes d'acides aminés de nucléotides etc ... [30388]

Duke of Portland
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Posté le : 23/11/2006, 18:35 (Lu 9321 fois)
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Regarde ce que je t'ai trouvé si c'est pas beau !
La plus grande banque de données sur les protéines du net (d'après ce que dit Wikipédia) ! La "Protein Data Bank"...

J'ai essayé de taper ornithine dans la barre de recherche du site et il y avait des résultats... tu devrais pouvoir y trouver ton enzyme !

http://www.pdb.org/pdb/home/home.do

Re: Listes d'acides aminés de nucléotides etc ... [30394]

Maxg59

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Posté le : 23/11/2006, 18:59 (Lu 9317 fois)
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HOOOOOO
MERCIIIIIIII !
j'ai trouvé mon enzyme !!!!!!!!!
(moi qui pensais qu'il n'y avais aucunes traces de ce pauvre enzyme sur le net ^^)
cepnedant ... je ne comprend rien ...
dans la séquence il me donne bien une séquence .. aprés, savoir c'est une séquence de quoi ? lol sa donne sa :
http://www.pdb.org/pdb/explore/sequence.do?structureId=1AKM
C'est quoi toutes ces lettres bizzards ? ce ne sont pas des peptides ...(et pas dans nucléotides de l'ADN non plus ...) alors c'est quoi ? et comment avoir les peptides ?
désolé pour toutes ces question ....

Re: Listes d'acides aminés de nucléotides etc ... [30398]

Duke of Portland
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Posté le : 23/11/2006, 19:04 (Lu 9316 fois)
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Si, si... ces petites lettres représentent bien les acides aminés... seulement comme certains d'entre eux commencent par la même lettre (ex : lysine et leucine) ils ont attribué une lettre particulière à chaque acide aminé. Regarge, tu n'as qu'a promener ta souris sur ces lettres : le nom de l'acide correspondant apparaîtra !

Re: Listes d'acides aminés de nucléotides etc ... [30400]

Maxg59

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Posté le : 23/11/2006, 19:09 (Lu 9313 fois)
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Ha OK merci !
(je n'avais pas remarcué, le peptide ne s'affiche qu'au bout de plusisurs secondes chez moi ...)
bon bha je n'ai plus qu'a recopier ces 33 peptides sur le logiciel que tu m'a donner
et ensuite il faut que je retrouve l'adn .. lol, mais à quel chromosome peut bien apartenir ce géne .... je vais mener l'enquéte ...
Une derniére question : c'est normal que les chaines A, B et C soient les mêmes ?


Re: Listes d'acides aminés de nucléotides etc ... [30406]

Duke of Portland
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Posté le : 23/11/2006, 20:12 (Lu 9311 fois)
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Humm... normalement, il doit y avoir quelques petites différences... mais elles sont parfois infimes et difficiles à remarquer !

Re: Listes d'acides aminés de nucléotides etc ... [30408]

Maxg59

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Posté le : 23/11/2006, 20:19 (Lu 9308 fois)
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haa, ok elles sont bien là alors, mais pour les trouver sur les 333 Merci pour tout duke ! (et je vais ajouter ce lien a la liste de bon lien, ca s'en est un !)

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